Tháng 5 năm 1994, Xí nghiệp Kinh doanh Dịch vụ được tách ra khỏi văn phòng Tỉnh ủy Yên Bái, thành lập Công ty trách nhiệm hữu hạn (TNHH) Yên Sơn, gồm 3 thành viên góp vốn sáng lập là: Công ty chế biến Lâm sản xuất khẩu Yên Bái, Công ty cầu đường giao thông và Văn phòng Tỉnh ủy.      

 Thực hiện chủ trương của Đảng và Nhà nước về tăng cường và mở rộng quy mô của các doanh nghiệp, theo quyết định số 95QĐ-UB ngày 6 tháng 10 năm 1994 của chủ tịch UBND tỉnh Yên Bái, về việc chuyển công ty TNHH Yên Sơn thành Công ty Yên Sơn ,do Tỉnh ủy Yên Bái quản lý. Tại thời điểm đó, hai công ty góp vốn trước đây là Công ty chế biến Lâm sản xuất khẩu Yên Bái và Công ty Cầu đường giao thông đã rút toàn bộ vốn và không tham gia vào quá trình chuyển đổi doanh nghiệp.

 Ngày 12 tháng 8 năm 1996, Công ty Yên Sơn ký kết hợp đồng với Công ty Cổ phần Giấy Hải Phòng (nay là Công ty Cổ phần Tập đoàn HAPACO) ,về việc hợp tác xuất khẩu kinh doanh, lắp đặt thêm 2 dây chuyền sản xuất giấy đế xuất khẩu, nâng tổng số lên 4 dây chuyền với công suất từ 2.800 tấn/năm lên 5.600 tấn/năm và thành lập Xí nghiệp liên doanh lấy tên là Xí nghiệp Giấy Trấn Yên.

 Tiếp tục liên kết mở rộng sản xuất, ngày 31 tháng 3 năm 1998, Công ty Yên Sơn ký hợp đồng với công ty FEC - Oriental Sun Enterprise Co.,Ltd cùng hợp tác liên kết đầu tư thiết bị gia công in ấn và tiêu thụ giấy vàng mã xuất khẩu sang Đài Loan. Trên cơ sở đó, Xí nghiệp giấy xuất khẩu được thành lập và chính thức đi vào hoạt động.

Nhằm tận dụng tối đa lợi thế về tài nguyên rừng của Yên Bái, năm 1999, Công ty thành lập Xí nghiệp Giấy Văn Yên, đầu tư cho xí nghiệp 2 dây chuyền sản xuất  giấy đế công suất 2.800 tấn /năm.

 Thực hiện nghị định số 33 của Chính Phủ về việc cải tiến tổ chức, sắp xếp và đổi mới doanh nghiệp, theo quyết định số 86/QĐ-UB ngày 20 tháng 4 năm 1999 của Chủ tịch UBND tỉnh Yên Bái về việc chuyển doanh nghiệp Nhà nước Công ty Yên Sơn từ doanh nghiệp do  Tỉnh ủy  quản lý sang trực thuộc sự quản lý của Sở Công nghiệp Yên Bái từ ngày 01 tháng 6 năm 1999. Được sự đồng ý của UBND Tỉnh và Sở Công nghiệp Yên Bái, cuối năm 1999 ,Công ty góp vốn thực hiện chương trình hợp tác sản xuất giấy xuất khẩu với Công ty chế biến Nông lâm sản thực phẩm tỉnh Hà Giang thành lập xí nghiệp liên kết sản xuất giấy đế công suất 3.600 tấn/năm. Thực hiện chủ trương đổi mới doanh nghiệp của UBND tỉnh Yên Bái, Công ty Yên Sơn là đơn vị đi đầu trong thí điểm cổ phần hóa doanh nghiệp. Theo quyết định số 241/2001/QĐ-UB ngày 21 tháng 5 năm 2001 của chủ tịch UBND tỉnh Yên Bái về việc chuyển Công ty Yên Sơn thành Công ty Cổ phần Yên Sơn với hình thức giữ nguyên phần vốn Nhà nước hiện có tại doanh nghiệp, phát hành thêm cổ phiểu để tăng vốn phát triển doanh nghiệp. Tại thời điểm này, tỷ lệ vốn Nhà nước tại doanh nghiệp là 43,90% vốn điều lệ.

 Tiếp tục tiến trình cổ phần hóa toàn diện năm 2005, ngày 04 tháng 5 năm 2005, Ủy ban nhân dan Tỉnh Yên Bái ban hành quyết định số 149/QĐ-UB về việc bán phần vốn Nhà nước tại Công ty Cổ phần Yên Sơn qua trung tâm dịch vụ đấu giá của Tỉnh Yên Bái. Ngày 16 tháng 6 năm 2005, Trung tâm bán đấu giá của Tỉnh đã ban hành quyết định số 23/QĐ-TBS về việc bán số cổ phần Nhà nước tại Công ty Cổ phần Yên Sơn cho Công ty Cổ phần HAPACO. Đến ngày 10 tháng 4 năm 2006, YENSONCO và HAPACO đã ký Biên bản thanh lý hợp đồng hợp tác liên doanh Xí nghiệp Giấy Trấn Yên. Theo đó, Xí nghiệp Giấy Trấn Yên chính thức trở thành đơn vị hạch toán phụ thuộc YENSONCO.

                                                                                        Theo website Yên Sơn